明朝天启年间，左都御史杨涟因反对魏忠贤而被下狱，魏忠贤下令东厂和锦衣卫秘密灭杀杨家全家。徐长卿受王冬青之托，救出杨涟的孙女杨紫萱，冒着生命危险将她带到龙泉村的同仁医馆，并且曾经是自己师傅的刘谦照顾。由于刘谦怀念恩师杨涟的恩情，将杨紫萱当作自己的关门弟子，传授给她医术。几人精心经营医馆，生意兴隆，但引来了同行郎中吴南星的嫉妒。最终，魏忠贤得知杨涟的后人和账本（用以证明魏忠贤通敌）的存在，派出多批杀手前往医馆处置，想要除去杨家的仇恨。在韩佩兰、徐长卿等人的保护下，刘谦和紫萱准备转移，却遇到了梅李庄爆发的瘟疫。刘谦不顾生死，多次救治病患和军民。最终，在刘谦、诚王和王冬青等人的帮助下，瘟疫得到控制。刘谦因此获得了“侠医”的美誉，而魏忠贤也被推倒。杨涟也得到了崇祯皇帝的平反，并被追封为“忠烈”。
