这部戏剧讲述的是中国历史上最混乱、最无奈的时代。故事中，黑旗军首领刘永福与故乡昔日红颜方蓉芝见面，回忆往事，感慨万千。刘永福为了自己而给方蓉芝一家带来的巨大灾难感到后悔。晚清年间，广西河水泛滥，洋人横行，官府腐败无能，民不聊生。官逼民反，刘永福和患难兄弟邓阿富参加了广西的天地会，并与堂主莫青衣和王堂主一起发动街头武装暴动，但失败了。刘永福被俘，身陷囹圄。后来得到广西总兵桂子瑞的帮助，莫青衣和邓阿富将刘永福救出。官府对天地会展开了严密通辑，刘永福等人被迫移师德州境内，继续惩罚恶霸，帮助乡民，受到民众的拥戴。刘永福拥有了自己的军队——黑旗军。黑旗军训练有素，帮助吴舵主率领的天地会成员攻打归顺城，但不久城被清军围困，刘永福率部突围来到中越边境的偏僻山区安南，从此开始了一系列惊险的冒险。
