公元十六世纪末，日本突然进攻朝鲜。在明朝军队的介入下，日本被迫撤军。根据双方的和平协议，锦衣卫被派遣护送明朝使团前往日本的伏见城，宣读国书。然而，使团遭到袭击，使团成员被杀，公主被日本人俘虏。锦衣卫的陈九和丁一在侠盗石川小夜子的帮助下幸运地逃脱，但两人因为是否离开日本的决定产生了分歧，最终分道扬镳。陈九独自一人前往太阁府，向松本秀次讲述了国书被盗的真相。然而，此时丁一已经私自偷走了国书，这一举动使得陈九被松本秀次严刑拷打。与此同时，丁一在一次意外中受伤，被石川小夜子的师傅所救。丁一康复后，和小夜子一起寻找陈九，却遭遇伊藤家康的袭击。最终，三人联手击败了伊藤家康。几天后，陈九和丁一决定再次冒险，深入敌人的地盘，最终救出了被囚禁的公主。在离开日本之前，陈九和丁一告别了石川小夜子。他们踏上归途，在途经富士山的时候，回想起在日本的一切，心中不禁感慨万分。
