《黑狼行动之迷你侠》讲述了主人公阿强（张强饰）的励志故事。据说阿强出生时，小山村上空电闪雷鸣，赋予了他超能力，但也让他身高永远不足一米。在阿强与青梅竹马阿娟（欧宇宁饰）结识的艺术学校，两人相依练舞直到阿强离开山村。
然而，阿强的生活在他所在的剧组遭遇黑狼（时晓飞饰）的破产后受到影响，他开始了漂泊的生活。在逃亡过程中，阿强被伪装成道具师的特警教官三哥（张琼饰）救下并收留。同时，阿娟也成为一名警察，在潜入黑狼的身边寻找犯罪证据和病毒芯片。
阿强与阿娟在黑狼投资的电影片场相遇，由于一系列误会，阿强意外得到了储存了制作变异病毒方程式的芯片，并成为黑狼追杀的目标。黑狼发现阿娟和三哥的真实身份后，绑架了阿娟来勒索芯片，面对重重危机，三人陷入绝境。
