距离变身成假面骑士圣剑已经过去了8年，圣剑的持有者神山飞羽真和一群剑士们一直在努力拯救世界。飞羽真收养了失去父母的少年小陆，还带上好友间宫和编辑须藤芽依一起照顾他。然而小陆却一直无法摆脱失去亲人的创伤，11岁的他依然不曾笑容。与此同时，成为翻译家的富加宫贤人即将与立花结菜结婚，生活也变得充实起来。 但是，剑士们却突然遭遇一连串的怪事，圣剑的持有者们一个接一个消失。正在调查此事的新堂伦太郎，却被假面骑士霸剑惊悚地塞壬打扰。经过解除变身后，篠崎真二郎自称是伦太郎的父亲，让伦太郎心烦意乱。此外，贤人也遇见了霸剑，小陆放学后也突然失踪了。飞羽真前往寻找小陆，却遭到霸剑的袭击。惊异塞壬驾驭着一本神秘的书，书中隐藏着令人恐惧的力量。光阴似箭，飞羽真一行人所面临的苦难将达到顶峰。
