在一片和平与稳定、四季如春的次元中，有一个名为“疫苗界”的地方。某天，封印在那里的病毒大王“暗魔”成功逃脱，向地球逃亡。为了阻止他的行动，疫苗界女神“玛雅”命令见习守护兽“麦丸”前往地球寻找暗魔并消灭他，同时也要清除暗魔所携带的病毒。
与此同时，在地球上有一个不怎么出名的新人偶像——中原小麦。她在工作时，却意外遭受暗魔的攻击而受伤。正当她躺在医院里不知所措时，被麦丸从空中救了下来。在与小麦相遇的那一刻，麦丸感受到了她爱的力量，并把一把魔法手杖交给小麦，并告诉她了整件事情的来龙去脉。虽然小麦对这件突如其来的事情感到十分困惑，但是由于她单纯善良的个性，不忍见死不救，便毅然决定接受玛雅女神的命令，成为一名魔法少女。
从此，小麦除了要担任魔法少女的角色之外，还要应付偶像的工作，同时也不能放弃学校。她变得忙碌起来，但她相信自己能够用爱的魔法拯救地球。
