皮皮鲁、舒克和贝塔发现白客公司抢走了缩小芯片，于是他们决定一起回家。但是在逃避捕鼠队途中，他们来到了交易市场。捕鼠队依然紧追不舍，朋友加西和琪琪为了保护他们，布置了各种防御措施，和强大的机械狗、无人机展开了激烈的战斗。同时，老鼠科学家也加入了战斗，他们也想要抢夺芯片。
在危急关头，皮皮鲁决定缩小加西、方猎猎等人，大家一起商讨如何应对白客公司的威胁。与此同时，白客公司正在转移实验室。舒克、贝塔、琪琪等人驾驶着飞机坦克和摩托车，与白客公司展开了激烈的战斗，最终夺回了实验室。但是，恢复芯片却被白客公司夺走了。为了重新获得芯片，皮皮鲁改进了装备，帮助大家成功潜入白客公司。
在最终的决战中，舒克等人终于找到了恢复芯片，但却不幸被捕鼠队长抓住，被关进监狱。在监狱里，他们遇到了老对手白路。原来，他也被抓来做实验，因为拥有放电功能。在白路的帮助下，舒克等人成功逃脱。不料，科学家们也潜入了白客公司，控制了老板，最终的大战即将爆发。
