在宦官弄权、黑暗权势盛行的明朝末期，忠臣左光斗因弹劾奸佞魏忠贤，遭受到了杀身之祸，满门惨遭毒手。他的女儿左清菡带着揭露奸党罪行的“忠蠹名册”，在东厂追杀之际，得到了锦衣卫百户方涂山的拯救。他们逃亡途中，意外遇到明教五行旗总掌旗使大邱，受伤落魄的他们被带入了与世隔绝的桃源村。一方面，东厂左右千户仇士海、狄耕争夺东厂督主之位，明争暗斗不断。另一方面，桃源村位于偏远地区，村民皆为明教教徒，虽被朝廷解散，但仍坚持除恶扬善的教义。对于突然闯入村子的左清菡和方涂山，村民们抱有敌意，担心他们会给村子带来祸患，因此想尽办法驱逐他们，逼迫他们离开。
